Secara historis UPT Puskesmas I Pekutatan pada mulanya merupakan sebuah Balai Pengobatan Ibu dan Anak (BKIA) dan berdiri pada tahun 1970. Selanjutnya pada tahun 1976 berubah status menjadi Puskesmas. 

Pada Tahun 1996 Puskesmas I Pekutatan mendapatkan rehabilitasi gedung serta tambahan beberapa bangsal sehingga menjadi Puseksamas dengan status Puskesmas Rawat Inap.         

            Tahun 2006 sesuai dengan Surat Perintah Bupati Jembrana No.800/4155/Kepeg/2006, tanggal 24 Agustus 2006 tentang penunjukan koordinator Unit Pelaksana  Fungsional Puskesmas maka status Puskesmas I Pekutatan secara fungsional dan operasional menjadi  Unit Pelayanan Fungsional (UPF) Puskesmas Pekutatan dan secara struktur organisasi berada di bawah kecamatan

            Tanggal 28 Nopember 2011 sesuai dengan Peraturan Bupati Jembrana Nomor 75 Tahun 2011 tentang Pembentukan Organisasi dan Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis Pusat Kesehatan Masyarakat Dinas Kesehatan Kabupaten Jembrana, maka nama UPF Puskesmas I Pekutatan berubah menjadi UPT Puskesmas I Pekutatan, yang merupakan UPT Dinas Kesehatan.

Pada Tahun 2015 Puskesmas I Pekutatan mendapatkan tambahan 1 unit Gedung Rawat Inap yang diresmikan oleh Bupati Jembrana tanggal 31 Desember 2015. Dengan tambahan gedung ini kapasitas tempat tidur rawat inap di Puskesmas I Pekutatan bertambah menjadi 22 tempat tidur.

            Tugas pokok dan fungsi UPT Puskesmas  yaitu : melaksanakan sebagian tugas teknis dinas di bidang pelayanan kesehatan masyarakat di wilayah kerja masing-masing, menyelenggarakan fungsi pelayanan, penyelenggara tugas administrasi, pelaksana teknis operasional, pengembangan, pengkoordinasian, pengendalian, monitoring dan evaluasi pelaksanaan urusan pelayanan kesehatan masyarakat di wilayah kerja masing-masing